食品无菌车间最好能与外界隔离，不能穿行或受其他因素干扰。食品无菌车间的大小依需要而定，一般由更衣间、缓冲间、风淋室和操作间组成。更衣间放在外，主要供更换衣帽、鞋子等。操作间放在内间，主要供产品灌装，房间应不受日光直射，大小适当，高度适宜(具体根据生产设备的高度确定)。顶部过高会影响紫外线的有效灭菌效果。墙壁应光滑无死角，以便清洗和消毒。食品无菌车间应为密闭式并保持车间静压差为正压，设置空气消毒用的紫外线灯、空气过滤净化器和恒温装置。